A pesar de su popularidad, el Niño Fidencio enfrentó controversias. Fue acusado de prácticas que algunos consideraban poco ortodoxas, como el uso de objetos poco convencionales para sus sanaciones, incluyendo cristales y cuchillos. Estas prácticas llevaron a cuestionamientos de parte de las autoridades religiosas y judiciales, aunque no todos los cargos fueron formalmente procesados.